在商业经营的过程中，出于经营需要，很多企业股东都会成立1个、2个甚至更多的关联企业，有些企业会将企业之间的人员、资金、业务分开管理，相互之间独立，不混淆，但有的经常是人员、资金、业务混淆，包括对内交易混淆，也包括对外交易混淆。现就公司与2家以上的关联企业存在资金互相代付时的法律问题进行分别，以便于规避风险。
一、关联企业间应财务独立，各自对外经营业务，付款时也应对应付款不可混淆，如果需要代替付款，一般需要备注好“代替……付……款”，最好也让债务人出个书面的说明，或者由债务人或付款人与债权人沟通，签好书面的协议，如此可以避免以后产生纠纷。
二、如果是企业借款给他人，签订书面协议或者说明是非常有必要的，如果还没来得签署有关文件，转账时应备注好“替……借款给……，利息……”等等，如没有列明，仅凭自己的算法起诉时可能面临败诉或部分败诉的风险。
案列：某电子公司诉某实业投资有限公司买卖合同欠款纠纷案
前言：阿诚实业公司与阿珠的电子科技公司存在生意往来，这两家企业也均与阿浩光电公司有业务往来，在交易过程中，阿珠的电子科技公司曾替阿诚实业公司支付了773458元电子款给阿浩光电公司，阿诚实业公司曾替阿珠的电子科技公司支付96万元电子款给阿浩光电公司。
案情介绍：起诉时，阿浩光电公司请求阿诚实业公司告支付397889元电子款及逾期付款利息给阿浩光电公司。在审理过程中，阿浩光电公司认为阿珠的电子科技公司不认可原对账单中金额为564357元的款项为代阿诚实业公司支付，故本案中阿诚实业公司支付给阿浩光电公司的96万元款亦非阿诚实业公司代替阿珠的电子科技公司付给阿浩光电公司的电子款。所以原告变更诉讼请求为请求被告支付电子款87000元及逾期付款利息。
一审法院认定：如果该96万元为阿诚实业公司付款，则在阿浩光电公司业务完毕之前，阿诚实业公司支付的电子款已经超出了合同约定的付款进度，与常理不符。另阿浩光电公司仅提交阿诚实业公司付款凭证及收据亦不足以推翻其之前自称96万元为被告阿诚实业公司代阿珠的电子科技公司支付的另案进度款的自认。故对于阿浩光电公司将阿诚实业公司支付的96万元从之前认可的阿诚实业公司代阿珠的电子科技公司支付的电子款调整为支付本案中的案涉电子款，一审法院不予认可。
二审法院认定：对于773458元，在阿浩光电公司公司与阿珠的电子科技公司的诉讼案件中阿珠的电子科技公司已经提供证据证明该款属于阿浩光电公司公司与阿珠的电子科技公司之间的付款，阿浩光电公司公司亦予以了确认。对于96万元，阿浩光电公司公司在其与阿珠的电子科技公司的另案诉讼中亦予以确认96万元款项为阿诚实业公司代阿珠的电子科技公司支付的电子款，故在本案中，二审法院认为该款项并非是至诚公司向阿浩光电公司公司支付的款项。
再审法院驳回阿浩光电公司的再审申请。
在上述这个案子中，由于阿诚实业公司与阿珠的电子科技公司转账时均没有备注好是替他人支付的什么类型款项，导致阿浩光电公司在起诉的时候处于明显不利的地位，因此，不管是代替他人付款，还是接受关联企业的付款，或者是企业自己记账、做账，付款人及收款人、财务人员都应严格要求按照上述的操作方式，防患于未然，以免在诉讼过程中面临败诉风险。因为有时你公司记账认为货款是这家的，但由于付款人是其他家公司，所以如果上到法庭，其他家公司就存在不承认是代别人付款的情形。这种情况下，纠纷就出来了，但由于企业记账的自认，法院就有可能判决不支持你公司的主张。
